Родился 17 (30) сентября 1905 года в деревне Удога (ныне Чериковский район Могилёвской области Республики Беларусь). В 1924 году окончил 3 класса сельской школы. Работал грузчиком в Ленинграде. 14 декабря 1927 года добровольно вступил в ряды Красной Армии. В декабре 1928 года окончил Ленинградскую военно-теоретическую школу ВВС, в ноябре 1930 года - Борисоглебскую военную авиационную школу пилотов и был оставлен в ней лётчиком-инструктором (позднее был командиром звена и командиром отряда). В 1935 году окончил Курсы усовершенствования начальствующего состава при Военно-Воздушной академии. С июня 1937 года служил командиром 118-й ИАЭ (92-я ИАБР Московского военного округа).

Участник Китайско-Японской войны с 14 марта по 10 сентября 1938 года. Был командиром эскадрильи, затем - командиром группы И-16 (на момент отправки имел общий налёт - 1700 часов, на И-16 - 100 часов). В отчёте о правительственной командировке говорится: "Майор Е. М. Николаенко имеет общий налёт 40 часов, боевых вылетов 40 часов, воздушных боёв 5. Сбил 5 машин: 3 И-96 и 1-2 бомбардировщика. Ранений нет, аварий и поломок нет. Аттестация хорошая. Может быть использован начальником школы истребителей. Присвоить звание "Полковник". Одним из наиболее крупных воздушных боёв, в котором принимал участие Е. М. Николаенко, произошёл 12 августа 1938 года над Уханем. Тогда 40 истребителей, ведомые им, вступили в бой со 120 японскими самолётами. По нашим данным, советские добровольцы сбили тогда 16 японцев, потеряв 5 своих машин. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1939 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина. 27 ноября 1939 года ему была вручена медаль "Золотая Звезда" (№ 122).

В 1938-1939 гг. служил начальником Кировабадской военной авиационной школы лётчиков, в 1939-1940 гг. - командовал 17-й САД, был заместителем командующего ВВС Киевского военного округа. 29 ноября 1939 года присвоено воинское звание "комбриг", 4 июня 1940 года - "генерал-майор авиации". С января 1941 года командовал ВВС Северо-Кавказского военного округа.

Участник Великой Отечественной войны с 24 июля 1941 года в должности командующего ВВС 5-й Армии (Юго-Западный фронт). С 31 июля 1941 года - командующий ВВС Резервного фронта, с 10 октября 1941 года - заместитель командующего ВВС Западного фронта, с 25 декабря 1941 года - командир авиационной группы в составе Западного фронта, с февраля 1942 года - командующий ВВС Крымского фронта. Участвовал в обороне Киева, Москвы и Крыма. За неудачи в обороне Крыма, приведшие к сдаче полуострова врагу, 4 июня 1942 года был снят с должности и понижен в воинском звании до "полковника". В 1942-1943 гг. - начальник Курсов усовершенствования офицерского состава (город Липецк). 17 марта 1943 года восстановлен в звании "генерал-майор авиации". С ноября 1943 года вновь в действующей армии: в должности заместителя командующего 1-й Воздушной армией (Западный и 3-й Белорусский фронты). Участвовал в освобождении Белоруссии и Восточно-Прусской операции. 20 апреля 1945 года присвоено воинское звание "генерал-лейтенант авиации".

После окончания войны продолжал служить на различных должностях в ВВС. В 1945-1946 гг. командовал 11-й Воздушной армией (Закавказский военный округ), в 1946-1949 гг. - 1-й Воздушной армией Дальней авиации (город Смоленск). В августе-ноябре 1949 года - 1-й заместитель командующего, с ноября 1949 по август 1950 гг. - командующий Дальней авиацией. В 1952 году окончил Военную академию Генерального штаба. В 1952-1955 гг. командовал 50-й Воздушной армией Дальней авиации (город Смоленск). С 17 декабря 1955 года генерал-лейтенант Е. М. Николаенко - в отставке. Жил в Ленинграде (ныне - Санкт-Петербург). Умер 16 апреля 1961 года, похоронен на Богословском кладбище.

Награждён орденами: Ленина (22.02.1939, 03.11.1953), Красного Знамени (14.11.1938, 20.01.1942, 24.06.1948), Суворова 2-й степени (19.04.1945), Кутузова 2-й степени (05.05.1945), Отечественной войны 1-й степени (19.08.1944), Красной Звезды (03.11.1944); медалями; иностранными наградами..

*     *     *



Список известных воздушных побед Е. М. Николаенко:

Д а т а	Противник	Место падения самолёта или проведения воздушного боя	Свой самолёт
04-08.1938	3  И-96	в небе Китая	И-16
	1  СБ-96
Всего сбитых самолётов - 4 + 0;  боевых вылетов - около 40;  воздушных боёв - 5.

Из фотоматериалов разных лет: