Родился 23 декабря 1920 года в деревне Кузнечиха (Вязниковский район Ивановской области). В 1938 году окончил Вязниковский аэроклуб. С 14 ноября 1938 года в рядах Красной Армии, призван Вязниковским РВК. В 1939 году окончил Чкаловскую (Оренбургскую) военную авиационную школу лётчиков. Служил в строевых частях ВВС Забайкальского военного округа.

С 6 июля 1941 года младший лейтенант М. Я. Заболотнов на фронтах Великой Отечественной войны в составе 13-го ИАП (38-я ИАД, ВВС Западного фронта), летал на И-153. 22 июля 1941 года был ранен в воздушном бою, отправлен в госпиталь. С мая 1942 года - командир звена 46-го ИАП (18 марта 1943 года преобразован в 68-й Гвардейский ИАП). Летал на "Харрикейне", "Киттихауке" и "Аэрокобре". В феврале 1943 года снова был ранен, лечился в госпитале. Сражался на Западном, Юго-Западном, Северо-Западном, 2-м Прибалтийском, 3-м Прибалтийском и 1-м Прибалтийском фронтах.

17 сентября 1944 года командир 2-й эскадрильи 68-го Гвардейского истребительного авиационного полка (5-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 11-й истребительный авиационный корпус, 3-я Воздушная армия, 1-й Прибалтийский фронт) Гвардии капитан М. Я. Заболотнов погиб в воздушном бою (столкнулся с самолётом ведомого). Похоронен в деревне Пука (Валгаский уезд Эстонии). Всего совершил около 150 боевых вылетов, в воздушных боях сбил лично 14 и в составе группы 1 самолёт противника.

Награждён орденами: Красного Знамени (23.02.1943, 23.08.1943, 25.07.1944), Красной Звезды (25.07.1944).