Родился 12 июля 1916 года в селе Шиповатое (ныне Харьковская область Украины). В 11 лет остался сиротой. Окончил 6 классов, работал в сельском хозяйстве. В 1930 году переехал в город Грозный, в надежде найти родственников, но не нашёл. До совершеннолетия воспитывался в детском доме. Затем работал учеником наборщика, потом наборщиком в типографии Чечено-Ингушского национального издательства. Одновременно учился в аэроклубе. С 22 октября 1937 года в рядах Красной Армии. В декабре 1938 года окончил 8-ю военную авиационную школу лётчиков (город Одесса). Служил в 16-м ИАП (57-ИАБ, ВВС Московского военного округа).

С 22 июня 1941 года младший лейтенант И. Н. Заболотный на фронтах Великой Отечественной войны в составе того же 16-го истребительного авиационного полка (6-й истребительный авиационный корпус, Московская зона ПВО). В августе 1941 года назначен командиром звена, позднее - заместителем командира эскадрильи. Летал на МиГ-3, отличился в боях за Москву. Выполнил 121 боевой вылет (в том числе 3 - ночью), провёл 20 воздушных боёв, в которых лично сбил 10 самолётов противника.

4 июня 1942 года капитан И. Н. Заболотный не вернулся с боевого задания из района северо-западнее города Малоярославец (Калужская область). Согласно версии, изложенной в историко-публицистической литературе советского периода, в воздушном бою таранил немецкий бомбардировщик и погиб (в архивных документах факт не отражён); по другим источникам - сбит огнём зенитной артиллерии. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июня 1942 года посмертно удостоен звания Героя Советского Союза. Награждён орденом Ленина.

Именем Героя были названы типография в Грозном, одна из улиц города, пионерский отряд и Шиповатская средняя школа. У входа в школу установлен его бюст. Герой Советского Союза И. Н. Заболотный навечно зачислен в списки воинской части. В городе Люберцы (Московская область) установлен пямятник И. Ф. Голубину, И. Н. Заболотному и И. П. Шумилову.