Родился 5 июля 1923 года в городе Херсоне (Украина). Окончил среднюю школу, учился в аэроклубе города Николаева. С 10 мая 1941 года в рядах Красной Армии. В 1942 году окончил Борисоглебскую военную авиационную школу пилотов. Служил пилотом во 2-м ЗИАП (ВВС Московского военного округа).

С 14 апреля 1943 года сержант П. Г. Якубовский в действующей армии. Воевал войны в составе 31-го ИАП (295-я ИАД), где прошёл путь от рядового пилота до командира эскадрильи. Сражался на Юго-Западном и 3-м Украинском фронтах. Летал на Ла-5 и Ла-7.

К марту 1944 года заместитель командира эскадрильи 31-го истребительного авиационного полка (295-я истребительная авиационная дивизия, 9-й смешанный авиационный корпус, 17-я Воздушная армия, 3-й Украинский фронт) капитан П. Г. Якубовский совершил 344 боевых вылета, в 56 воздушных боях лично сбил 11 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 октября 1944 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 2694).

К 9 мая 1945 года командир 3-й (разведывательной) эскадрильи 31-го ИАП (295-я ИАП, 10-й ШАК РСВГК, 17-я ВА, 3-й Украинский фронт) капитан П. Г. Якубовский совершил около 410 боевых вылетов, провёл 86 воздушных боёв и сбил лично 19 самолётов противника.

После войны продолжал служить в ВВС. В 1949 году окончил Военную академию имени Фрунзе, в 1971 году - Высшие центральные офицерские курсы Гражданской обороны СССР. С 5 сентября 1973 года полковник П. Г. Якубовский - в запасе. Жил в Москве. Работал заместителем начальника службы информации Минстройдормаш СССР. Умер 9 февраля 1995 года. Похоронен в Москве на Кунцевском кладбище. В Аллее Славы в городе Херсоне его имя среди Героев Херсонщины.

Награждён орденами: Ленина (26.10.1944), Красного Знамени (30.07.1943, 25.10.1943, 31.01.1945), Александра Невского (09.06.1945), Отечественной войны 1-й степени (31.12.1943, 11.03.1985), Красной Звезды (30.12.1956), Трудового Красного Знамени; медалями, в том числе "За отвагу" (28.06.1943) и "За боевые заслуги" (20.04.1953); иностранными орденами.