Родился 6 июля 1919 года в деревне Новоселье (ныне Монастырщинский район Смоленской области). Учился в Смоленском техникуме связи. Окончил Смоленский аэроклуб, работал в нём инструктором. С декабря 1939 года в рядах Красной Армии. В 1940 году окончил Одесскую военную авиационную школу лётчиков, до 1942 года работал в Армавирской ВАШП лётчиком-инструктором.

С 23 февраля 1942 года младший лейтенант И. Ф. Якубов на фронтах Великой Отечественной войны в составе 653-го истребительного авиационного полка (в марте 1943 года преобразован в 65-й Гвардейский ИАП). Летал на И-15бис, Як-1 и Як-7. Прошёл путь от рядового лётчика до помощника командира полка по воздушно-стрелковой службе.

К февралю 1943 года заместитель командира эскадрильи, он же штурман 653-го истребительного авиационного полка (274-я истребительная авиационная дивизия, 3-я Воздушная армия, Калининский фронт) лейтенант И. Ф. Якубов совершил 68 боевых вылетов, в 23 воздушных боях сбил 9 самолётов противника лично и 1 в составе пары. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1943 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 817).

С мая 1943 года находился на лётно-испытательной работе. Всего выполнил более 100 боевых вылетов и провёл около 25 воздушных боёв (число побед не изменилось).

После войны продолжал службу в ВВС. В 1945 году окончил Липецкую высшую офицерскую школу ВВС. В 1945-1947 гг. работал лётчиком-испытателем НИИ-1. С марта 1947 года был лётчиком-испытателем Лётно-Исследовательского института (город Жуковский Московской области). 18 сентября 1947 года Гвардии майор И. Ф. Якубов погиб при испытаниях опытного реактивного двигателя на летающей лаборатории Ту-2ЛЛ.

Награждён орденами: Ленина (22.02.1943), Красного Знамени (17.10.1942, 06.02.1943); медалями.