Родился 7 (20) июля 1913 года в городе Туле. Окончил 7 классов средней школы № 10, затем - школу фабрично-заводского ученичества патронного завода (в 1929 году) и аэроклуб Осоавиахима. Работал бригадиром слесарей на патронном заводе. С 1932 года в рядах Красной Армии. В 1933 году окончил Ейское военно-морское авиационное училище лётчиков. Служил в боевых частях ВВС. С 1939 года работал инструктором Московского аэроклуба.

С июня 1941 года лейтенант Н. В. Худяков на фронтах Великой Отечественной войны в составе 66-го ШАП (15-я авиационная дивизия), командовал звеном. Летал на И-15бис, выполнил 92 боевых вылета, сбитых самолётов противника не имел. В конце ноября прибыл в 8-й ЗАП, где до марта 1942 года проходил переучивание на Як-1. С апреля 1942 года сражался в составе 581-го ИАП, где летал на Як-1. 26 августа 1942 года осуждён военным трибуналом за поломку самолёта: вопреки инструкции, пытался посадить повреждённый самолёт на колёса, но перевернулся (в сентябре 1943 года освобождён от наказания, как искупивший свою вину). В начале 1943 года проходил переучивание в 20-м ЗАП на Як-7 и Як-9. В феврале 1943 года переведён в 91-й ИАП, летал на Як-7. С мая 1943 года сражался в 728-м ИАП, командовал эскадрильей, летал на Як-7. В январе 1944 года направлен заместителем командира эскадрильи в 32-й ИАП, летал на Як-9 и Як-3.

Воевал на Юго-Западном, Северо-Западном, Воронежском, 1-м Украинском фронтах. Участвовал в оборонительных боях в районе западной границы, под Киевом и Харьковом - в 1941 году; воздушных боях на Дону - в 1942 году; в Курской битве и боях за Днепр - в 1943 году; освобождал Правобережную Украину, участвовал в воздушных боях над Вислой - в 1944 году; окончательно освобождал Польшу и сражался в небе Берлина - в 1945 году.

К маю 1945 года помощник командира 32-го истребительного авиационного полка по воздушно-стрелковой службе (256-я истребительная авиационная дивизия, 5-й истребительный авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) капитан Н. В. Худяков совершил около 350 боевых вылетов, провёл 70 воздушных боёв и сбил лично 18 самолётов противника (в последнем наградном листе говорится о 19 личных победах, а в лётной книжке - о 20 сбитых и 2 подбитых самолётах). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июня 1945 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 7543).

После окончания войны продолжал служить в ВВС. С 1946 года майор Н. В. Худяков - в запасе. Жил в Москве. Работал завхозом на стадионе "Юность". Умер 29 марта 1996 года, похоронен на Митинском кладбище.

Награждён орденами: Ленина (27.06.1945), Красного Знамени (27.10.1943, 19.06.1944), Александра Невского (1944), Отечественной войны 1-й степени (11.03.1985); медалями, в том числе "За боевые заслуги" (03.11.1944).