Родился 10 апреля 1912 года селе Алексеевка (ныне посёлок городского типа Хвалынского района Саратовской области). В том же году семья переехала в город Вольск (Саратовская область). В 1920-1925 гг. (после смерти отца) воспитывался в детском доме. В 1925-1929 гг. работал экспедитором на почте, учеником продавца в магазине, учеником бондаря на заводе. В 1929-1932 гг. учился в школе фабрично-заводского ученичества (ФЗУ) и работал слесарем-инструментальщиком на цементно-шиферном заводе "Большевик". С 1931 года в рядах Красной Армии. В 1932 году окончил Ленинградскую военно-теоретическую школу лётчиков, в 1934 году - Энгельсскую военную авиационную школу пилотов. Служил в ВВС Забайкальского военного округа (с декабря 1934 года - младший лётчик 19-й ИАЭ, с июля 1938 года - командир звена 22-го ИАП).

Участник Советско-Японского конфликта на реке Халхин-Гол с 23 мая по 16 сентября 1939 года. В июле 1939 года назначен командиром эскадрильи 22-го истребительного авиационного полка (истребительная авиационная бригада, 1-я Армейская группа), летал на И-16. Всего старший лейтенант В. П. Трубаченко совершил 120 боевых вылетов, в 27 воздушных боях сбил лично 4 и в составе группы 18 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 августа 1939 года удостоен звания Героя Советского Союза, с вручением ордена Ленина. После учреждения знака особого отличия ему вручена медаль "Золотая Звезда" (№ 153).

После окончания боевых действий в Монголии, учился в Военно-Воздушной академии. Затем служил инспектором по технике пилотирования авиационной бригады. В марте 1941 года назначен заместителем командира 182-го ИАП.

С августа 1941 года - в действующей армии. Воевал на Юго-Западном и Южном фронтах. Летал на МиГ-3, в воздушных боях лично сбил 1 самолёт противника.

16 сентября 1941 года капитан В. П. Трубаченко погиб в воздушном бою (район города Красноперекопск Крымской области). Похоронен на Воинском кладбище в городе Симферополе (Крым). В 1965 году навечно зачислен в списки ремонтно-механического цеха Вольского цементного завода. Имя Героя носят улица в городе Вольске и школа № 4. На на доме, где он жил, установлена мемориальная доска.

Награждён орденами: Ленина (29.08.1939), монгольским орденом Боевого Красного Знамени 1-й степени (10.08.1939).