Родился в 1922 году в селе Новая Скелевка (Казанковский район Николаевской области Украины). До войны жил и работал в Харькове, окончил городской аэроклуб. С 1940 года в рядах Красной Армии. Окончил Чугуевское военное авиационное училище лётчиков.

С января 1943 года младший лейтенант В. Г. Шмагайло в действующей армии. Воевал в составе 875-го ИАП (18 марта 1943 года преобразован в 66-й Гвардейский ИАП). В сентябре 1943 года назначен командиром звена. Летал на Як-7, Як-9 и Як-3. Сражался на Северо-Западном, Брянском, 2-м Прибалтийском, 1-м Прибалтийском и 3-м Белорусском фронтах.

23 февраля 1945 года командир звена 66-го Гвардейского истребительного авиационного полка (4-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 3-я Воздушная армия, 1-й Прибалтийский фронт) Гвардии старший лейтенант В. Г. Шмагайло был сбит огнём зенитной артиллерии противника и погиб. Всего совершил более 110 боевых вылетов, в воздушных боях сбил лично 15 самолётов противника. Похоронен в городе Лиепая (Латвия) на Центральном кладбище.

Награждён орденами: Красного Знамени (12.02.1944, 17.09.1944, 01.11.1944), Красной Звезды (15.10.1943); медалями.