Родился в 1920 году в деревне Бабушкино (Чагодощенский район Вологодской области). С ноября 1938 года в рядах Красной Армии. В 1939 году окончил Одесскую военную авиационную школу лётчиков. Служил в строевых частях ВВС.

С июля 1941 года лейтенант Ф. Е. Самарков на фронтах Великой Отечественной войны в составе 6-го ИАП (ВВС Юго-Западного фронта), летал на И-153. С 7 мая 1942 года воевал в 255-м ИАП (в составе Ударной авиагруппы Ставки ВГК действовал в оперативном подчинении ВВС Волховского фронта, с 5 июля 1942 года - в составе ВВС Северного флота). Летал на ЛаГГ-3, Як-1 и "Аэрокобре".

К ноябрю 1944 года командир 2-й эскадрильи 255-го истребительного авиационного полка (5-я минно-торпедная авиационная дивизия, ВВС Северного фронта) капитан Ф. Е. Самарков совершил 192 боевых вылетов, провёл 31 воздушный бой, в которых сбил лично 7 самолётов противника (ещё 4 + 0 предположительно). Больше полк боевой работы не вёл, занимался учебно-боевой подготовкой и командирской учёбой личного состава.

После окончания войны продолжал служить в авиации ВМФ.

Награждён орденами: Красного Знамени (04.07.1943, 29.11.1943, 19.08.1944), Отечественной войны 1-й степени (17.08.1945), Отечественной войны 2-й степени (11.03.1985); медалями.