Родился 23 сентября 1916 года в селе Верхне-Махаринцы (ныне Казатинский район Винницкой области Украины). Окончил среднюю школу. С августа 1937 года в рядах Красной Армии, призван Сквирским РВК (Киевская область Украины). Служил в составе Военно-Морского Флота. Окончил военную авиационную школу лётчиков.

С 26 мая 1943 года старший лейтенант М. Д. Никитюк служил в 20-м ИАП ВМФ. Полк проходил переформирование в 1-м ЗИАП ВВС ВМФ (аэродром Рузаевка, город Саранск). С 26 июня 1943 года приступил к боевой работе (в составе 6-й ИАБР ВВС Северного флота, которая 20 июля 1943 года была преобразована в 6-ю ИАД ВВС СФ). Летал на Як-1Б.

13 октября 1943 года командир звена 3-й эскадрильи 20-го истребительного авиационного полка (6-я истребительная авиационная дивизия, ВВС Северного Флота) старший лейтенант М. Д. Никитюк погиб в воздушном бою в районе мыса Вайтолахти (Мурманская область). Всего совершил более 50 боевых вылетов, провёл около 10 воздушных боёв и сбил лично 7 самолётов противника.

Награждён орденом Красного Знамени (17.09.1943).