Родился 11 июня 1918 года в городе Мелитополе (ныне Мелитопольский район Запорожской области Украины). В 1933 году окончил 7 классов средней школы в городе Мелитополе, в 1936 году - курсы мастеров в городе Москве (по профессии электросварщик). С декабря 1938 года в рядах Красной Армии. 25 июля 1940 года окончил Борисоглебскую военную авиационную школу пилотов с присвоением воинского звания "младший лейтенант". Служил младшим лётчиком в 162-м РЕЗАП (ВВС Западного особого военного округа). С 15 сентября 1941 года - младший лётчико 56-го ИАП (37-я ИАД ВВС Забайкальского фронта), с 4 октября 1942 года - пилот 291-го ШАП (ВВС 17-й Армии Забайкальского фронта).

С 29 декабря 1943 года лейтенант П. Я. Мордухович в действующей армии: в должности командира звена 3-й эскадрильи 193-го ИАП (который 2 июля 1944 года был преобразован в 177-й Гвардейский ИАП), летал на Ла-5.

31 октября 1944 года временно исполняющий обязанности командира эскадрильи 177-го Гвардейского истребительного авиационного полка (14-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 3-й Гвардейский истребительный авиационный корпус Резерва СВГК, 5-я Воздушная армия, 2-й Украинский фронт) Гвардии лейтенант П. Я. Мордухович не вернулся с боевого задания из района города Кечкемет (Венгрия). Всего совершил около 300 боевых вылетов, в воздушных боях сбил лично 13 самолётов противника. 11 декабря 1944 года приказом № 020/з по 5-й Воздушной армии посмертно присвоено воинское звание "Гвардии старший лейтенант".

Награждён орденом Отечественной войны 1-й степени (29.08.1944).