Родился 25 апреля 1910 года в деревне Кучей (ныне Сюмсинский район республики Удмуртия). Образование получил среднее. С 12 лет батрачил, работал лесорубом в Селтинском леспромхозе, учился в Совпартшколе города Ижевска. Был секретарём Ижевского горкома ВЛКСМ, заведующим орготделом горкома КПСС, секретарём парткома 1-й фабрики охотничьих ружей. С 15 мая 1931 года в рядах Красной Армии, призван Ижевским ГВК. В 1933 году окончил Одесскую военную авиационную школу пилотов. Служил на Украине. С 1938 года - слушатель авиационного факультета Военно-Политической академии. 23 июня 1941 года назначен комиссаром 247-го ИАП.

С сентября 1941 года батальонный комиссар В. А. Меркушев на фронтах Великой Отечественной войны в составе 247-го ИАП, летал на ЛаГГ-3 и Як-1. В октябре 1941 году дважды был легко ранен. С января 1943 года - заместитель командира полка по политчасти. 6 июля 1943 года принял командование 270-м ИАП (5 февраля 1944 года преобразован в 152-й Гвардейский ИАП), летал на Як-1 и Як-7.

К 5 августа 1943 года командир 270-го истребительного авиационного полка (203-я истребительная авиационная дивизия, 1-й штурмовой авиационный корпус, 5-я Воздушная армия, Степной фронт) майор В. А. Меркушев совершил 264 боевых вылета, в воздушных боях сбил лично 13 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 сентября 1943 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 1491).

4 июня 1944 года в ходе боевого вылета над оккупированной территорией Гвардии подполковник В. А. Меркушев сбит огнём зенитной артиллерии противника и попал в плен. 23 апреля 1945 года освобождён американскими войсками. Всего совершил 418 боевых вылетов, провёл около 100 воздушных боёв, в которых сбил лично 24 самолёта противника. Сражался на Южном, Северо-Кавказском, Закавказском, Крымском, Степном и 2-м Украинском фронтах.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. В конце 1945 года назначен старшим инспектором-лётчиком по технике пилотирования 2-й Воздушной армии Центральной группы войск (Австрия). С июня 1947 года - заместитель командира 254-й ИАД (Хабаровск). 23 февраля 1949 года арестован (в документах указано: "Находясь в плену выдал врагу важные сведения государственной военной тайны"), приговорён к 10 годам ИТЛ. Отбывал наказание в Соликамске. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 9 мая 1950 года лишён звания Героя Советского Союза. 1 июня 1954 году освобождён по амнистии. Указом Верховного Совета СССР от 4 января 1955 года восстановлен в звании Героя Советского Союза.

В 1954-1955 гг. работал начальником Ижевского автомотоклуба. С 1965 года - на пенсии. Жил в Ижевске. Умер 20 августа 1974 года, похоронен на Хохряковском кладбище. 23 октября 2002 года полностью реабилитирован. Его именем названа улица в селе Сюмси. На приз Героя Советского Союза В. А. Меркушева ежегодно проводятся лыжные гонки.

Награждён орденами: Ленина (17.06.1943, 02.09.1943), Красного Знамени (21.01.1944), Красной Звезды (05.11.1946); медалями.