Родился в 1920 году в селе Козино (Воловский район Курской области). Окончил сельскую школу. 3 сентября 1941 году добровольно вступил в ряды Красной Армии. Окончил Армавирскую военную авиационную школу лётчиков и был направлен в 20-й ЗИАП (ВВС Сибирского военного округа).

С 3 сентября 1942 года сержант М. Ф. Манулин в действующей армии: в должности лётчика 42-го ИАП (240-я ИАД), летал на Як-7. 6 декабря 1942 года легко ранен в ногу, совершил вынужденную посадку. С марта 1943 года воевал в 744-м ИАП (1 мая 1943 года преобразован в 86-й Гвардейский ИАП), где летал на Як-7 и Як-9. Сражался на Северо-Западном, Ленинградском и Калининском фронтах.

9 октября 1943 года старший лётчик 86-го Гвардейского истребительного авиационного полка (240-я истребительная авиационная дивизия, 3-я Воздушная армия, Калининский фронт) Гвардии лейтенант М. Ф. Манулин пропал без вести в Невельском районе Смоленской области. Всего выполнил более 40 боевых вылетов, провёл более 20 воздушных боёв, в которых сбил лично 15 самолётов противника.

Награждён орденами: Красного Знамени (16.07.1943, 13.09.1943), Красной Звезды (27.02.1943).