Родился 8 мая 1919 года в деревне Нестерово (ныне Вяземский район Смоленской области). В 1931 году семья переехала в город Гатчину (Ленинградская область). Окончив там 8 классов средней школы № 4, поступил работать электросварщиком на Ленинградский завод подъёмных сооружений. Вечерами без отрыва от производства учился в аэроклубе. С 1938 года в рядах Красной Армии, окончил Чугуевскую военную авиационную школу пилотов.

С 26 июля 1941 года младший лейтенант С. В. Макаров на фронтах Великой Отечественной войны. Воевать начал в составе 122-го ИАП (11-я САД, ВВС Западного фронта), летал на И-16. С июля по август 1941 года воевал уже в Отдельной ИАЭ, летал на И-16 и МиГ-3. С августа 1941 года - в 180-м ИАП (46-я САД), где продолжал летать на И-16 и МиГ-3.

К февралю 1942 года командир звена 180-го истребительного авиационного полка (46-я смешанная авиационная дивизия, ВВС 30-й Армии, Калининский фронт) лейтенант С. В. Макаров совершил 260 боевых вылетов, провёл 35 воздушных боёв, сбил лично 10 и в составе группы 12 самолётов противника (в материалах наградного листа говорится о 13 групповых победах). Многократно участвуя в штурмовках скоплений вражеских войск, нанёс большой урон в живой силе и технике.

10 февраля 1942 года был сбит в воздушном бою и погиб. К тому времени сбил лично 11 и в составе группы 12 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 мая 1942 года удостоен звания Героя Советского Союза. Похоронен в братской могиле в деревне Бахмутово (Ржевский район Тверской области). Там же Герою воздвигнут памятник. В городе Гатчина (Ленинградская область) на здании школы, в которой учился С. В. Макаров, установлена мемориальная доска.

Награждён орденами: Ленина (10.02.1942), Красного Знамени (30.11.1941).