Родился 30 января 1918 года в деревне Ненаедово (ныне Ржевский район Тверской области). Окончил 7 классов и Ржевский медицинский техникум, занимался в аэроклубе. 1 апреля 1938 году добровольно вступил в ряды Красной Армии, призван Ржевским РВК. В том же году окончил Одесскую военную авиационную школу пилотов и оставлен в ней инструктором-лётчиком. Затем был командиром звена в Конотопской и Армавирской военных авиационных школах пилотов.

С 20 ноября 1941 года лейтенант В. Н. Кубарев в действующей армии: в должности заместителя командира эскадрильи 653-го ИАП (18 марта 1943 года преобразован в 65-й Гвардейский ИАП). Сражался на Крымском, Северо-Кавказском, Калининском, Северо-Западном, Брянском, 2-м Прибалтийском, 1-м Прибалтийском, 3-м Белорусском и 1-м Белорусском фронтах. Имел ранение в ногу. Летал на И-15бис, Як-1, Як-7, Як-9, Як-3.

К августу 1943 года командир эскадрильи 65-го Гвардейского истребительного авиационного полка (4-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 15-я Воздушная армия, Брянский фронт) Гвардии капитан В. Н. Кубарев совершил 114 боевых вылетов, в 53 воздушных боях сбил лично 10 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 сентября 1943 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 1120).

К 9 мая 1945 года заместитель командира по лётной подготовке 65-го Гвардейского истребительного авиационного полка (4-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 16-я Воздушная армия, 1-й Белорусский фронт) Гвардии майор В. Н. Кубарев совершил около 300 боевых вылетов, провёл более 70 воздушных боёв, в которых сбил лично 15 самолётов противника.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. В 1951 году окончил Военно-Воздушную академию, в 1960 году - Военную академию Генерального штаба. Командовал авиационной дивизией, корпусом противовоздушной обороны. В 1960-1965 гг. - 1-й заместитель командующего, в 1965-1973 гг. - командующий 6-й Отдельной Краснознамённой армией ПВО (город Ленинград, ныне Санкт-Петербург). В 1973-1981 гг. - начальник Военной инженерной радиотехнической академии ПВО (город Харьков). С 1981 года генерал-полковник авиации В. Н. Кубарев - в отставке (по выслуге лет). Жил в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), возглавлял кафедру Академии Гражданской авиации, защитил кандидатскую диссертацию, стал кандидатом военных наук. Написал нескольких книг. Являлся председателем объединенного комитета ветеранов войны и военной службы - однополчан. Умер 17 ноября 2006 года, похоронен на Никольском кладбище Алекандро-Невской лавры.

Награждён орденами: Ленина (28.09.1943, ...), Красного Знамени (в том числе - 19.04.1942, 06.02.1943, 14.10.1944, ...), Александра Невского (01.08.1944, ...), Отечественной войны 1-й степени (21.07.1943, 11.03.1985), Красной Звезды (17.10.1942, ...), Дружбы (01.04.1995); медалями.