Родился 30 января 1918 года в деревне Ненаедово (ныне Ржевский район Тверской области). Окончил 7 классов и Ржевский медицинский техникум, занимался в аэроклубе. 1 апреля 1938 году добровольно вступил в ряды Красной Армии, призван Ржевским РВК. В том же году окончил Одесскую военную авиационную школу пилотов и оставлен в ней лётчиком-инструктором. Затем был командиром звена в Конотопской и Армавирской военных авиационных школах пилотов.

С 20 ноября 1941 года лейтенант В. Н. Кубарев в действующей армии: в должности заместителя командира эскадрильи 653-го ИАП (18 марта 1943 года преобразован в 65-й Гвардейский ИАП). Боевую работу полк начал в составе 71-й ИАД (ВВС 51-й Отдельной армии), летая на И-15бис. В январе 1942 года включён в состав Отдельной ИАГР ВВС Крымского фронта. 15 января 1942 года была одержана первая известная воздушная победа полка: лейтенант В. Н. Кубарев в групповом воздушном бою в районе посёлка Владиславовка залпом РС-82 сбил немецкий истребитель Ме-109.

20 мая 1942 года полк был включён в состав резерва 5-й Воздушной армии Северо-Кавказского фронта. Капитан В. Н. Кубарев назначен командиром эскадрильи. 9 июля 1942 года полк убыл в тыл для переучивания на новую технику. В 8-м ЗИАП Приволжского военного округа (посёлок Багай-Барановка, Саратовской области) проходил переформирование и осваивал новую технику.

22 октября 1942 года приступил к боевой работе на Калининском фронте (в составе 274-й ИАД, 1-го ИАК, 3-й Воздушной армии), летая на Як-1. С 11 февраля 1943 года 2-я эскадрилья полка действовала на Северо-Западном фронте (оперативно подчинялась штабу 32-го Гвардейского ИАП). С 4 марта 1943 года боевой работы не вёл: полк находился в резерве Северо-Западного фронта и Ставки ВГК, занимался по плану учебно-боевой подготовки. 9 мая 1943 года приступил к боевой работе на Брянском фронте (в составе 4-й Гвардейской ИАД, 1-го Гвардейского ИАК, 15-й Воздушной армии), летая на Як-1Б и Як-7Б.

К августу 1943 года командир эскадрильи 65-го Гвардейского истребительного авиационного полка (4-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 15-я Воздушная армия, Брянский фронт) Гвардии капитан В. Н. Кубарев совершил 114 боевых вылетов, в 53 воздушных боях сбил лично 7 и в составе группы 1 самолёт противника (в наградном листе говорится о 10 личных победах). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 сентября 1943 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 1120).

С 7 октября 1943 года боевой работы не вёл: полк находился в Резерве Ставки ВГК (аэродром Борыково, Московский военный округ), где осваивал новую технику. С 5 ноября 1943 года воевал на 2-м и 1-м Прибалтийских фронтах (в составе 15-й Воздушной армии), летая уже на Як-9. С 6 апреля 1944 года полк находился в резерве Ставки ВГК (аэродром Луги, Калининской области), проходил очередное переформирование. С 20 июня 1944 года приступил к боевой работе на 3-м Белорусском фронте (в составе 1-й Воздушной армии), 16 июля 1944 года вернулся на 1-й Прибалтийский фронт (в состав 3-й Воздушной армии), а 3 марта 1945 года переброшен на 2-й Прибалтийский фронт (в состав 15-й Воздушной армии). С 3 апреля 1945 года на аэродроме Шяуляй перевооружался на истребители Як-3. 12 апреля 1945 года возобновил боевую работу на 1-м Белорусском фронте (в составе 16-й Воздушной армии).

К 9 мая 1945 года заместитель командира по лётной подготовке 65-го Гвардейского истребительного авиационного полка (4-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 16-я Воздушная армия, 1-й Белорусский фронт) Гвардии майор В. Н. Кубарев совершил около 300 боевых вылетов (включая 83 на И-15бис), провёл более 70 воздушных боёв, сбил лично 14 и в составе группы 1 самолёт противника.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. В 1951 году окончил Военно-Воздушную академию, в 1960 году - Военную академию Генерального штаба. Командовал авиационной дивизией, корпусом противовоздушной обороны. В 1960-1965 гг. - 1-й заместитель командующего, в 1965-1973 гг. - командующий 6-й Отдельной Краснознамённой армией ПВО (город Ленинград, ныне Санкт-Петербург). В 1973-1981 гг. - начальник Военной инженерной радиотехнической академии ПВО (город Харьков). С 1981 года генерал-полковник авиации В. Н. Кубарев - в отставке (по выслуге лет). Жил в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), возглавлял кафедру Академии Гражданской авиации, защитил кандидатскую диссертацию, стал кандидатом военных наук. Написал нескольких книг. Являлся председателем объединенного комитета ветеранов войны и военной службы - однополчан. Умер 17 ноября 2006 года, похоронен на Никольском кладбище Алекандро-Невской лавры.

Награждён орденами: Ленина (28.09.1943, ...), Красного Знамени (19.04.1942, 06.02.1943, 14.10.1944, ...), Александра Невского (01.08.1944, ...), Отечественной войны 1-й степени (21.07.1943, 11.03.1985), Красной Звезды (17.10.1942, ...), Дружбы (01.04.1995); медалями.