Родился 17 марта 1915 года в селе Благодатное (ныне Донецкая область Украины). 11 августа 1936 года добровольно вступил в ряды Красной Армии, призван Макеевским ГВК Сталинской области Украинской ССР). В 1938 году окончил Ворошиловградскую военную авиационную школу лётчиков. Служил в строевых частях ВВС.

С января 1942 года младший лейтенант И. М. Ганенко на фронтах Великой Отечественной войны в составе 247-го ИАП (5 февраля 1944 года преобразован в 156-й Гвардейский ИАП), летал на Як-1. С апреля 1944 года воевал в 152-м Гвардейском ИАП (12-я Гвардейская ИАД). Летал на Як-1, Як-7 и Як-9.

К 9 мая 1945 года командир эскадрили 152-го Гвардейского истребительного авиационного полка (12-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 1-й Гвардейский штурмовой авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) капитан И. М. Ганенко совершил 448 боевых вылетов, в 64 воздушных боях сбил лично 11 и в составе группы 2 самолёта противника. Сражался на Крымском, Южном, Северо-Западном, Северо-Кавказском, Степном, 2-м Украинском и 1-м Украинском фронтах.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. С 30 декабря 1957 года Гвардии полковник И. М. Ганенко - в отставке. Жил в городе Мариуполе (Донецкая область Украины).

Награждён орденами:  Красного Знамени (07.07.1942, 17.07.1944, 30.12.1956), Александра Невского (25.04.1945), Отечественной войны 2-й степени (09.07.1943, 11.08.1943, 11.03.1985), Красной Звезды (19.11.1951); медалями, в том числе "За боевые заслуги" (05.11.1946).