Родился 25 мая 1923 года в селе Новомалиновка (ныне Широковский район Днепропетровской области Украины). Окончив 7 классов, работал трактористом в колхозе Криворожского района Днепропетровской области. С 8 мая 1941 года в рядах Красной Армии, призван Криворожским ГВК. В 1942 году окончил Чугуевское военное авиационное училище.

С 24 апреля 1943 года младший лейтенант В. М. Дудниченко в действующей армии. Служил в составе 239-го ИАП (19 августа 1944 года преобразован в 181-й Гвардейский ИАП), летал на Ла-5 и Ла-7. Воевал на Северо-Кавказском, Воронежском, 1-м Украинском и 4-м Украинском фронтах. Участвовал в боях под Новороссийском, Курской битве, Белгородско-Харьковской, Киевской и Корсунь-Шевченковской операциях.

К январю 1944 года заместитель командира эскадрильи 239-го истребительного авиационного полка (235-я истребительная авиационная дивизия, 10-й истребительный авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) старший лейтенант В. М. Дудниченко совершил более 120 боевых вылетов, в 26 воздушных боях сбил лично 16 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 июля 1944 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 2382).

Во время боёв за Прикарпатье был сбит над вражеской территорией, но через 3 дня сумел выйти к своим. В дальнейшем участвовал в освобождении Чехословакии, Моравско-Остравской операции.

К 9 мая 1945 года заместитель командира эскадрильи 181-го Гвардейского истребительного авиационного полка (15-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 10-й истребительный авиационный корпус, 8-я Воздушная армия, 4-й Украинский фронт) Гвардии старший лейтенант В. М. Дудниченко совершил около 200 боевых вылетов, провёл 36 воздушных боёв и сбил лично 22 вражеских самолёта.

После войны продолжил службу в ВВС. В 1947 году окончил Высшие лётно-тактические курсы ВВС.

Участник вооружённого конфликта на территории Кореи 1950-1953 гг. в должности заместителя командира 148-го Гвардейского ИАП (97-я ИАД ПВО, 64-й ИАК). Гвардии подполковник В. М. Дудниченко в воздушных боях лично сбил 3 самолёта ВВС США. В одном из вылетов и сам был сбит, получил тяжёлое ранение, но сумел дотянуть до своего аэродрома и посадить повреждённый самолёт.

Вернувшись в СССР продолжал служить в ВВС, был заместителем начальника штаба истребительной дивизии. С 21 ноября 1955 года Гвардии подполковник В. М. Дудниченко - в запасе. Жил в городе Измаил Одесской области. С 1968 по 1972 гг. работал первым помощником капитана на судах Советского Дунайского пароходства. Умер 14 января 1989 года.

Награждён орденами: Ленина (01.07.1944, 25.09.1952), Красного Знамени (02.11.1943), Отечественной войны 1-й степени (22.08.1943, 11.03.1985), "Крест за боевые лётные заслуги" (14.06.1944, США); медалями, в том числе "За боевые заслуги" (19.11.1951).