Родился 3 мая 1915 года в селе Первое Заселье (ныне Мантуровский район Курской области). Окончил среднюю школу. С 9 сентября 1935 года в рядах Красной Армии, призван Курским ГВК. В 1937 году окончил Качинскую военную авиационную школу пилотов. Служил в строевых частях ВВС. Участник похода Советских войск в Западную Украину и Западную Белоруссию осенью 1939 года.

С 16 января 1942 года лейтенант И. Д. Черников в действующей армии. Боевую работу начал в 35-м ИАП, который действовал в составе 8-й Отдельной бригады ПВО (Батумского района ПВО), летая на И-153. В июле 1942 года на основе 35-го ИАП был сформирован новый 926-й ИАП ПВО (в составе 23 экипажей на бипланах И-153), с включением в состав 102-й ИАД ПВО (Сталинградского района ПВО). Старший лейтенант И. Д. Черников был назначен командиром 2-й эскадрильи. 22 июля 1942 года в составе 24 экипажей полк прибыл на Сталинградский фронт и приступил к боевой работе на самолётах И-153. 25 августа 1942 года лётно-технический состав без матчасти прибыл на аэродром Средняя Ахтуба. 5 сентября 1942 года передал 12 лётчиков и младших авиаспециалистов в полки 102-й ИАД и убыл на доукомплектование в город Пензу, а затем в Московский военный округ для переучивания на новую технику.

С декабря 1942 года старший лейтенант И. Д. Черников воевал в 234-м ИАП (105-й ИАД ПВО, Ростовского района ПВО (оперативно подчинялась штабу Южного фронта), летая на Як-1 и Як-7. В июне 1943 года полк вошёл в состав войск вновь образованного Западного фронта ПВО, а 10 июля 1943 года - в состав 10-го ИАК ПВО Ростовского района ПВО (Западного фронта ПВО).

30 июля 1943 года командир 3-й эскадрильи 234-го истребительного авиационного полка (10-й истребительный авиационный корпус ПВО, Ростовский район ПВО, Западный фронт ПВО) капитан И. Д. Черников не вернулся с боевого задания, считался погибшим. На самом деле попал в плен, содержался в лагере для пленных лётчиков (шталаг Луфтваффе 2). Бежал, поймали и вернули назад. Пробыл в лагере до освобождения в 1944 году. После прохождения специальной проверки, возвратился в часть после окончания боевых действий. Всего совершил около 150 боевых вылетов, провёл более 20 воздушных боёв, сбил лично 7 и в составе группы 6 самолётов противника.

После окончания войны продолжал служить в ВВС. С 6 декабря 1945 года капитан И. Д. Черников - в запасе.

Награждён орденами: Красного Знамени (22.10.1942, 22.04.1943), Отечественной войны 1-й степени (06.08.1943).