Родился 1 января 1921 года в селе Александровка (ныне Азовский район Ростовской области). Жил на хуторе Валуево (Мясниковский район Ростовской области). Окончил среднюю школу. Работал монтёром на Ростовском центральном телеграфе, одновременно учился летать в аэроклубе. С 19 октября 1939 года в рядах Красной Армии. В 1941 году окончил Ейское военно-морское авиационное училище лётчиков и был направлен в 1-й УЗАП ВМФ.

С ноября 1941 года сержант В. И. Черненко в действующей армии: в должности лётчика 5-го ИАП (18 января 1942 года преобразован в 3-й Гвардейский ИАП) ВВС Балтийского флота. Летал на ЛаГГ-3, "Харрикейне", Як-1, Ла-5 и Ла-7. Прошёл путь от рядового лётчика до командира эскадрильи.

К июлю 1944 года командир звена 3-го Гвардейского истребительного авиационного полка (1-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, ВВС Краснознамённого Балтийского флота) Гвардии старший лейтенант В. И. Черненко совершил 235 боевых вылетов, в 37 воздушных боях лично сбил 14 и в группе 8 самолётов противника. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 августа 1944 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 4336).

В июле 1944 года назначен командиром эскадрильи. Всего за время войны Гвардии капитан В. И. Черненко совершил 321 боевой вылет, провёл 50 воздушных боёв, в которых сбил лично 14 и в составе группы 10 самолётов противника.

После окончания войны продолжал службу в ВВС страны. В 1956 году окончил Военно-Воздушную академию, в 1963 году - Военную академию Генерального штаба. Был заместителем начальника штаба войск ПВО по боевому управлению. С 1983 года генерал-майор авиации В. И. Черненко - в запасе. Жил в Москве. Умер 25 апреля 2017 года.

Награждён орденами: Ленина (19.08.1944), Красного Знамени (21.10.1942, 23.03.1944, 22.06.1944), Отечественной войны 1-й степени (16.10.1945, ...), Красной Звезды (30.07.1943, ...), "За службу Родине в Вооружённых Силах СССР" 3-й степени; медалями.