Родился 23 апреля 1922 года в селе Мякеньковка (Решетиловский район Полтавской области Украины). После смерти отца воспитывался в Киевском детском доме, где окончил 10 классов средней школы. С 20 апреля 1939 года в рядах Красной Армии. В 1941 году окончил Качинскую военную авиационную школу лётчиков. Служил в 69-м ИАП (21-я САД, Одесский военный округ).

С 22 июня 1941 года сержант В. Е. Бондаренко на фронтах Великой Отечественной войны в должности пилота 69-го ИАП (7 марта 1942 года преобразован в 9-й Гвардейский ИАП). Участник обороны Одессы, летал на И-16. 15 июля 1941 года получил тяжёлое осколочное ранение шеи. С мая 1942 года воевал на Юго-Западном фронте, летал на ЛаГГ-3. 22 июня 1942 года тяжело ранен в ногу, а 28 августа 1942 года легко ранен в руку. С декабря 1942 года летал на Як-1 (Сталинградский фронт), 5 января 1943 года получил тяжёлое ранение головы.

С апреля 1943 года воевал в 45-м ИАП (17 июня 1943 года преобразован в 100-й Гвардейский ИАП), где летал на "Аэрокобре". Участвовал в боях на Кубани, в Перекопской, Ясско-Кишинёвской, Львовско-Сандомирской операциях. В феврале 1945 года переведён в 16-й Гвардейский ИАП, продолжая летать на "Аэрокобре".

К 20 марта 1945 года командир звена 16-го Гвардейского истребительного авиационного полка (9-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 6-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) Гвардии старший лейтенант В. Е. Бондаренко совершил 324 боевых вылета, в 68 воздушных боях сбил лично 19 и в составе пары 1 самолёт противника (в наградном листе говорится о 24 личных победах). За эти подвиги представлен к высшей награде страны.

Свои последние победы одержал в небе Берлина. Всего совершил более 350 боевых вылетов, провёл более 70 воздушных боёв, в которых сбил лично 24 и в составе пары 1 самолёт противника. Сам 6 раз был ранен, дважды горел в воздухе. Сражался на Южном, Закавказском, Юго-Западном, Сталинградском, Северо-Кавказском, 4-м Украинском, 2-м Украинском и 1-м Украинском фронтах. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июня 1945 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 6596).

После окончания войны продолжал служить на различных должностях в ВВС. С 20 марта 1953 года Гвардии подполковник В. Е. Бондаренко - в запасе. Жил в городе Киеве (ныне столица Украины). В 1965 году окончил Киевский институт народного хозяйства. Умер 20 февраля 2001 года, похоронен на Городском кладбище "Берковцы". Бюст Героя установлен на мемориальном комплексе Саур-Могила (Шахтёрский район Донецкой области).

Награждён орденами: Ленина (27.06.1945), Красного Знамени (30.10.1943, 25.09.1944, 13.05.1945), Отечественной войны 1-й степени (17.07.1944, 11.03.1985), Красной Звезды (30.08.1942); медалями.