Родился 11 апреля 1916 года в селе Грязи (ныне город в Грязинском районе Воронежской области). С 4 марта 1938 года в рядах Красной Армии, призван Липецким РВК (Воронежская область). Окончил военную авиационную школу лётчиков. Служил в 306-м ИАП (ВВС Дальневосточного фронта).

С декабря 1943 года лейтенант М. В. Болдырев в действующей армии. Воевал в составе 116-го ИАП (295-я ИАД). Прошёл путь от командира звена до командира эскадрильи. Летал на Ла-5 и Ла-7.

К 9 мая 1945 года командир эскадрильи 116-го истребительного авиационного полка  (295-я истребительная  авиационная  дивизия, 10-й штурмовой авиационный корпус РСВГК, 17-я Воздушная армия, 3-й Украинский фронт) капитан М. В. Болдырев совершил 151 боевой вылет, провёл около 20 воздушных боёв и сбил лично 10 самолётов противника.

После окончания войны продолжал служить на различных должностях в ВВС. С 18 августа 1960 года подполковник М. В. Болдырев - в запасе. Умер в 1987 году.

Награждён орденами:  Красного Знамени (20.09.1944, 23.04.1945, 30.12.1956),   Александра Невского (12.06.1945),  Отечественной войны 2-й степени (30.05.1944, 11.03.1985), Красной Звезды (19.11.1951); медалями, в том числе "За боевые заслуги" (20.06.1949).