Родился 30 сентября 1919 года в селе Гришино (ныне Гороховецкий район Владимирской области). Окончил неполную среднюю школу. В 1936 году уехал в Москву, работал котельщиком, без отрыва от работы занимался в аэроклубе. С 4 января 1939 года в рядах Красной Армии. В 1940 году окончил Борисоглебскую военную авиационную школу лётчиков. Служил в городе Душанбе (столица Таджикистана).

С 15 декабря 1942 года лейтенант М. Ф. Батаров в действующей армии. Сражался в составе 611-го ИАП (лётчик, командир звена, заместитель и командир эскадрильи). Летал на И-153, Як-1, Як-9 и Як-3. Воевал на Закавказском, Северо-Кавказском, Южном, 4-м Украинском, 3-м Украинском и 1-м Украинском фронтах. В боях ранен (23.02.1943) и контужен (25.03.1943).

К середине апреля 1945 года командир эскадрильи 611-го истребительного авиационного полка (288-я истребительная авиационная дивизия, 17-я Воздушная армия, 3-й Украинский фронт) майор М. Ф. Батаров совершил 322 боевых вылета, в 72 воздушных боях сбил лично 15 самолётов противника (в наградном листе говорится о 15 личных и 1 групповой победах). За эти подвиги представлен к высшей награде страны.

К маю 1945 года совершил около 350 боевых вылетов и провёл 75 воздушных боёв (число побед не изменилось). Указом Президиума Верховного Совета СССР от 18 августа 1945 года удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 5455).

После окончания войны продолжал служить в ВВС. В 1957 году окончил Курсы усовершенствования при Военно-Воздушной академии. С 16 марта 1981 года генерал-майор авиации М. Ф. Батаров - в отставке. Жил в городе Москве. Умер 26 декабря 1990 года, похоронен на Николо-Архангельском клабище. В селе Гришино, возле обелиска павшим за Отечество, установлен бюст Героя.

Награждён орденами: Ленина (18.08.1845), Красного Знамени (13.10.1943, 29.01.1945), Александра Невского (05.08.1944), Отечественной войны 1-й степени (27.03.1944, 11.03.1985), Красной Звезды (трижды, в том числе - 17.02. 1943), "За службу Родине в Вооружённых Силах СССР" 3-й степени; медалями.