Родился 7 ноября 1918 года в станице Темиргоевская (ныне административный центр Темиргоевского сельского поселения Курганинского района Краснодарского края). Окончил среднюю школу. С 16 мая 1940 года в рядах Красной Армии. Окончил военную авиационную школу лётчиков. Служил в 68-м ИАП (8-й ИАК ПВО, Закавказская зона ПВО). В сентябре 1943 года был направен в 402-й ИАП (ВВС Южного фронта).

Боевую работу младший лейтенант М. А. Бабенко начал с декабря 1943 года на 4-м Украинском фронте (в составе 265-й ИАД, 3-го ИАК, 8-й Воздушной армии), летая на Як-1. С 13 мая 1944 года полк находился в Резерве СВГК, проходил переформирование и пополнение новой техникой. С 17 июня 1944 года возобновил боевую работу на 3-м Белорусском фронте (в составе 265-й ИАД, 3-го ИАК, 1-й Воздушной армии). С 10 сентября 1944 года полк снова находился в Резерве СВГК (в 8-м ЗИАП Приволжского военного округа) и переучивался на новую технику. С 20 ноября 1944 года приступил к боевой работе на 1-м Белорусском фронте, летая уже на Як-3.

19 апреля 1945 года старший лётчик 1-й эскадрильи 402-го истребительного авиационного полка (265-я истребительная авиационная дивизия, 3-й истребительный авиационный корпус, 16-я Воздушная армия, 1-й Белорусский фронт) лейтенант М. А. Бабенко не вернулся с боевого задания из района Буков (Германия). Похоронен в Берлине. Всего совершил 141 боевой вылет, провёл около 15 воздушных боёв, сбил лично 7 самолётов противника и уничтожил 1 аэростат наблюдения.

Награждён орденами: Красного Знамени (29.03.1945), Красной Звезды (25.03.1944).