В марте 1942 года он присоединился к 308-й истребительной эскадрилье 31-й истребительной группы в Новом Орлеане (штат Луизиана), а в июне 1942 года вместе с группой отправился на военно-воздушную базу Атчем (Англия), став первой американской истребительной группой, прибывшей в Англию. Впоследствии группа была оснащена британскими самолётами "Спитфайр" и 19 августа 1942 года приняла участие в историческом рейде на Дьепп. Спустя 3 месяца группа отправилась в Северную Африку, где Бейкер воевал во время воздушных операций над Алжиром, Тунисом и Сицилией. За боевые заслуги Бейкер был награждён Крестом "За выдающиеся лётные заслуги" и Воздушной медалью с 16 дубовыми листьями.

В ноябре 1943 года Бейкер был назначен командиром звена в 493-й истребительной эскадрилье, 48-й истребительной группе в Таллахоме (штат Теннесси), оснащённой истребителями Р-47 "Тандерболт". Весной 1944 года в составе этой части он вновь оказался в Англии, и принял участие в боях над Европой. Был награждён "Серебряной Звездой" за храбрость в бою, а также получил дубовую ветвь к Кресту "За выдающиеся лётные заслуги". Всего за время Второй Мировой войны Бейкер выполнил 272 боевых вылета, в которых одержал 3,5 воздушных победы.

В декабре 1944 года вернулся в Соединённые Штаты и занимался подготовкой лётчиков-истребителей в авиашколе. В ноябре 1945 года был уволен с действительной военной службы. В июле 1947 года вернулся на действительную военную службу и был назначен командиром 115-го базового подразделения ВВС в Стюарт-Филд (штат Нью-Йорк). В декабре 1947 года его перевели на должность командира 2-й истребительной эскадрильи 52-й истребительной группы (штат Алабама). Затем он поступил в Воздушную командно-штабную школу. В октябре 1950 года его перевели на военно-воздушную базу Макгуайр (штат Нью-Джерси), на должность начальника оперативного отдела и отдела подготовки 52-го всепогодного авиакрыла, а позже он стал командиром 52-й группы истребителей-перехватчиков. Когда 52-е авиакрыло было реорганизовано, его назначили начальником оперативного отдела 4709-го авиакрыла ПВО.

В апреле 1952 года отправился в Корею, где принял командование 4-й группой истребителей Дальневосточных ВВС. К марту 1953 года совершил 127 боевых вылетов на F-86 Sabre, в которых сбил 13 самолётов противника (12 МиГ-15 и 1 Ла-9). Был награждён Крестом "За выдающиеся заслуги" и орденом "Легион Почёта".

После возвращения в США Роял Бейкер руководил Испытательным центром ВВС, а в 1966 году генерал-лейтенант Бейкер стал заместителем командующего 7-й Воздушной Армии, воевавшей во Вьетнаме, где лично совершил 140 боевых вылетов. Он был одним из немногих лётчиков, участвовавших и во Второй мировой, и в Корейской, и во Вьетнамской войнах. Затем продолжал служить на различныхкомандных должностях. 1 августа 1975 году вышел отставку. Умер 17 апреля 1976 года и был похоронен на кладбище Пекан-Гроув в МакКинни, штат Техас.